舊金山的肇慶總會館成立於1876年，會員包括廣東省開平、恩平、高要、高明、陽江、陽春、三水、清遠及四會等縣在美國之僑民。其中以開平人數最多；恩平次之，在「肇慶」成立之前，這兩縣僑民，曾加入其他會館的組織。大約於1849年至1850年間，屬於古岡州地區的僑民，包括新寧（台山）、開平、恩平、新會、鶴山等五縣人士，成立了最早的岡州會館，到了1851年，岡州會館分裂，新寧、開平、恩平和新會部份會員，成立了四邑會館。1854年，新寧邑僑，另組之寧陽會館，四邑會館亦告分裂，新會僑民歸回岡州會館，開平、恩平、兩縣僑民則組恩開會館。

1862年，恩開會館成員不多，會務不展，開平和恩平人士便結合新寧的余姓僑民，成立合和會館，但未幾又告分裂，直到1876年，恩開兩縣僑民，脫離合和會館，另組肇慶會館，但仍有部份恩開邑僑留在合和會館。

1898年，恩平邑僑有唐、湯、朱、龔、黎、鄒、禢、侯、宋、聶、孔、莫、袁等十三人是退出合和會館，加入肇慶，其時館址在商業街728號。1990年，舊金山大地震後，而改建天后廟街125號天后廟為肇慶總會館，館地設在三樓，四樓為天后廟。

肇慶總會館採團體會員制，由團體會員派出董事若干名。1972年，曾召開會員大會，通過各團體會員應派出董事人數如下：周、黃、關、潭、方、司徒、張七姓各四名，南平公所（恩平屬）三名，陳、梁二姓各二名；李、何、吳、敖、林、盧、楊、勞八姓各一名，羅、鄧兩姓共一名，徐、伍兩姓共一名，六邑一名。

肇慶總會館主席，由團體會員輪值，其次序亦根據上述姓氏，以周姓作為第十七屆開始，至二十九屆輪畢；第三十屆再由周姓復始。